環(huán)境保護(hù)部南京環(huán)境科學(xué)研究所是環(huán)境保護(hù)部的直屬科研院所，以農(nóng)村生態(tài)環(huán)境保護(hù)、自然生態(tài)和生物多樣性保護(hù)為科學(xué)研究方向。開(kāi)展區(qū)域生態(tài)環(huán)境保護(hù)、自然保護(hù)、農(nóng)村環(huán)境污染防治和農(nóng)用化學(xué)品污染防治等方面的研究，承擔(dān)國(guó)家科技攻關(guān)項(xiàng)目和部省級(jí)重點(diǎn)科研項(xiàng)目，開(kāi)展有機(jī)食品認(rèn)證、ISO14000認(rèn)證、環(huán)境工程、 能源工程、環(huán)境影響評(píng)價(jià)與生態(tài)規(guī)劃以及環(huán)境咨詢(xún)等方面的工作，并在相關(guān)領(lǐng)域與國(guó)際組織、外國(guó)科研機(jī)構(gòu)和基金會(huì)開(kāi)展廣泛的合作。

現(xiàn)有科技人員兩百余人，其中高級(jí)職稱(chēng)57人，中級(jí)職稱(chēng)78人，享受政府特貼14人；工程院院士1人；特聘研究員（院士和外籍專(zhuān)家）8人。

1978年建所以來(lái)共完成大、中型項(xiàng)目900余項(xiàng)，獲國(guó)家、部省級(jí)獎(jiǎng)40項(xiàng)，出版專(zhuān)著40余部，發(fā)表論文800余篇。本所編輯出版的《生態(tài)與農(nóng)村環(huán)境學(xué)報(bào)》被列為全國(guó)中文核心期刊。

科研場(chǎng)所占地2.12公頃、建筑面積1.5萬(wàn)平方米；圖書(shū)館藏書(shū)數(shù)萬(wàn)冊(cè)，中、外文期刊288種；科研儀器設(shè)備60余臺(tái)套；所內(nèi)局域網(wǎng)與國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)連通；擁有RS.GIS設(shè)備和軟件等。

300多人次出訪(fǎng)30多個(gè)國(guó)家和地區(qū)，來(lái)訪(fǎng)國(guó)外學(xué)者300余人，培訓(xùn)外國(guó)學(xué)員100余人，與十多個(gè)國(guó)家的科研機(jī)構(gòu)與組織以及聯(lián)合國(guó)環(huán)境開(kāi)發(fā)署、世界銀行、亞洲開(kāi)發(fā)銀行等國(guó)際組織建立了良好的合作關(guān)系。